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郑桐森一直致力于消化系统肿瘤的临床、教学及科研工作，主要从事肝癌、胆管癌及结直肠癌等的化疗、分子靶向治疗、免疫治疗及微创治疗等，医疗技术精湛、作风扎实。在消化系统肿瘤的发病机制、新型治疗及耐药逆转方面做了大量工作，率先开辟了新型STING异构体与免疫调控、IL-17A与微卫星稳定型（MSS）肠癌免疫治疗抵抗、针灸（电针）增敏抗肿瘤免疫治疗、Gankyrin与炎症、缺氧与肝癌索拉菲尼耐药等研究方向，探索出了以临床问题为导向，以转化研究为目标的一体化研究体系。

郑桐森在J Clin Invest、Gut、J Immunother Cancer、Hepatology、Nat Commun、Cancer Immunol Res、QJM-INT J MED、Mol Cancer和Biochim Biophys Acta Rev Cancer等国际权威杂志上发表SCI收录论文60余篇（其中IF＞10的14篇），他引3000余次，单篇引用超200次。

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